一是重点审计环保资金分配、拨付、使用及管理情况。审查环保部门预算编制是否准确、合理，内控制度是否规范、完整，预算执行是否到位，有无随意扩大开支范围，会议费、接待费用过高等问题。

二是重点审计排污费征收、上缴和使用情况。审查环保部门是否按规定及时、足额征收排污费，有无擅自决定减免或降低收费的情况，已征收的排污费是否如数缴入财政专户，有无截留、坐支、挤占挪用及私设“小金库”等问题。

三是重点审计环保专项资金的使用、管理和效益情况。审查环保部门和用款单位是否按国家有关规定管理和使用环保专项资金，有无资金长期闲置，专项资金使用效益不好等问题；

四是重点审计环保项目的立项、完成、运营管理和效益情况。审查污染源治理项目立项是否符合规定，项目是否按期完成，资金是否用于有关部门批准的治理项目，配套资金是否足额到位，是否造成损失浪费，影响效益发挥等问题。